Un des plus grands défis que doivent relever les astronautes pendant leur entraînement est d'apprendre à accomplir des tâches dans des environnements à faible gravité. La flottabilité est la capacité à flotter dans un liquide comme l'eau. C'est grâce à cette capacité que les aquanautes peuvent simuler une faible gravité. Normalement, les membres d'équipage devraient se trouver dans un état de flottabilité positive, c'est-à-dire qu'ils flotteraient dans l'eau. Cependant, en portant de l'équipement de plongée et un sac dorsal lesté, les aquanautes peuvent travailler au fond de l'eau avec une flottabilité positive minimale. Ainsi, les missions NEEMO peuvent inclure de l'entraînement en vue de sorties extravéhiculaires dans l'espace (EVA) pour tester des concepts de mobilité en gravité réduite.
La mission NEEMO 14 offrait aux membres d'équipage de multiples occasions de simuler l'utilisation de futurs véhicules d'exploration. Les véhicules utilisés lors de ces plongées étaient d'une taille semblable à celle des atterrisseurs et des rovers que développe actuellement la NASA. Les aquanautes qui interagissaient avec ces technologies en développement pouvaient alors fournir des informations et une rétroaction aux ingénieurs de la NASA.
La santé des membres d'équipage est de toute première importance lorsque l'on planifie des missions d'exploration spatiale, surtout quand il s'agit de missions de longue durée. La santé physiologique et psychologique des équipages d'aquanautes a été au coeur de toutes les missions NEEMO. On a notamment mené des études concernant les effets de l'environnement sur le sommeil et sur le système immunitaire, la croissance de bactéries dans l'habitat et la nutrition, ainsi que des études reliées à l'exercice physique.
De plus, il peut être très difficile et dangereux de s'occuper d'urgences médicales sans l'aide d'un hôpital ou d'un médecin qualifié. À bord de la Station spatiale internationale et dans le cadre de futures missions de longue durée, la santé des astronautes et la réussite de la mission peuvent dépendre de la capacité des membres d'équipage à réagir aux cas urgents sans l'aide d'un médecin. En raison de l'isolement physique et psychologique que vivent les aquanautes au fond de l'océan Atlantique, l'habitat Aquarius impose les contraintes qui permettent de valider de nouvelles techniques de télémédecine dans un environnement extrême.